Das Internet ist heutzutage allgegenwärtig und besonders aus dem Alltag vieler Jugendlicher nicht mehr wegzudenken. Egal ob es um die Fotos der letzten Party geht, wer jetzt mit wem zusammen ist oder einfach nur um mit Freunden zu chatten und sich zu verabreden, das soziale Leben findet für viele mittlerweile zu einem großen Teil online statt. Aber so friedlich und harmonisch wie diese Online-Welt scheint ist sie leider nicht, denn es gibt sehr dunkle Seiten und Personen, die alles andere als nett und freundlich sind. Die 14 Jährige Megan wird am 14. Januar 2007 von einem Mann entführt, der sich im Internet als Gleichaltriger ausgegeben hat und um ein Treffen bat. 3 Wochen später erwischt es auch ihre beste Freundin Amy. Beide Mädchen gelten noch immer als vermisst. In Megan is Missing sehen wir zusammen geschnittene Videoaufnahmen aus privaten und öffentliche Quellen, die zeigen was den beiden Mädchen grausames zugestoßen ist.